Konfüçyüs (İÖ 551) ahlak ve toplum düzeni üzerine konuşmuş, ama metafizik sorulardan — evrenin yapısı, varlığın kökeni — büyük ölçüde uzak durmuştu. Bin yıl sonra bu boşluğu Budizm ve Taoizm'in incelikli kozmolojileri doldurdu. Song hanedanı düşünürü Zhu Xi (1130–1200), Konfüçyüsçü geleneği bu meydan okuma karşısında yeniden kurdu: ona derin bir metafizik zemin kazandırarak "Neo-Konfüçyüsçülük" denen sentezi oluşturdu.

Sisteminin merkezinde iki kavram vardır. *Li* — ilke, örüntü, her şeyin olması gereken biçimi belirleyen akılsal düzen; ve *qi* — maddi güç, somut varlıkları oluşturan enerji-madde. Her nesne, her olay, li ile qi'nin birleşiminden doğar: li bir şeyin "ne olduğunu", qi ise onun somut, tikel varlığını verir. Evrensel li tüm gerçekliğe içkindir; bir çiçekteki ilke ile evreni yöneten ilke aynı büyük düzenin parçalarıdır. İnsanın ahlaki görevi, kendi doğasındaki bu ilkeyi berraklaştırmak, qi'nin bulanıklığından arındırmaktır.

Zhu Xi bu amaçla bir yöntem önerir: *gewu*, "şeylerin araştırılması". Dünyaya, metinlere ve kendi zihnine dikkatle bakarak eşyanın ardındaki ilkeyi kavramak — bilgi ile erdemin aynı çabada birleştiği bir öğrenme disiplini. Klasik metinler arasından "Dört Kitap"ı seçip yorumladı; bu seçki, 1313'ten itibaren Çin devlet memurluğu sınavlarının resmi müfredatı oldu ve altı yüz yıl boyunca imparatorluğu yönetecek seçkinlerin zihnini biçimlendirdi.

Etkisi Çin'le sınırlı kalmadı: Kore'de Joseon hanedanının, Japonya'da Tokugawa döneminin resmi öğretisi Zhu Xi yorumuydu. Doğu Asya'nın ahlak anlayışı, eğitim ideali ve bürokratik seçkinler kültürü yüzyıllarca bu sentezin izinde yürüdü. Batı'da Aquinas Aristoteles ile Hristiyanlığı nasıl birleştirdiyse, Zhu Xi de metafizik ile Konfüçyüs ahlakını öyle birleştirdi.