Ondokuzuncu yüzyılın ortasına dek çürümenin, kokuşmanın ve pek çok hastalığın "kendiliğinden türeme" (abiyogenez) yoluyla — cansız maddeden doğrudan — ortaya çıktığına inanılırdı. Et kendiliğinden kurtlanıyor, şıra kendiliğinden ekşiyordu. Fransız kimyager Louis Pasteur (1822–1895) bu inancı tek bir zarif deneyle çökertti.

Bir besiyeri sıvısını, boynu S biçiminde uzatılmış "kuğu boyunlu" şişelere koyup kaynattı. Hava şişeye serbestçe girebiliyordu; ama havadaki toz ve mikroplar kıvrımlı boyunda takılıp sıvıya ulaşamıyordu. Sıvı aylarca berrak, bozulmadan kaldı. Şişenin boynu kırıldığında ya da sıvı kıvrıma değdirildiğinde ise saatler içinde bulanıp mikroplarla doldu. Sonuç kesindi: yaşam yalnızca önceki yaşamdan gelir; çürüme, havada taşınan görünmez canlıların işidir.

Pasteur bu ilkeyi pratiğe döktü. Şarabın ve sütün ekşimesinin mikroplardan kaynaklandığını gösterdi ve sıvıyı ölçülü ısıtarak bu mikropları öldürme yöntemini geliştirdi — bugün pastörizasyon dediğimiz işlem. Ardından aynı mantığı hastalığa taşıdı: eğer görünmez organizmalar sütü bozabiliyorsa, bedeni de hasta edebilirlerdi. Bu "mikrop kuramı", Robert Koch'un belirli mikropları belirli hastalıklara bağlayan çalışmalarıyla pekişti.

Sonuçları çığ gibi büyüdü. Joseph Lister, ameliyathaneye antiseptik uygulayarak cerrahi ölümleri düşürdü; Pasteur'ün kendisi kuduz ve şarbon için aşılar geliştirdi. Hastalığın kaynağı artık kötü hava ya da tanrısal ceza değil, üzerine gidilebilecek somut bir organizmaydı. Yirminci yüzyılın antibiyotikleri, aşıları ve halk sağlığı altyapısı bu kavramsal kırılmanın üstüne kuruldu.