Pasteur'ün çalışmaları mikropların hastalıklarla ilişkili olduğunu göstermişti, ama 'ilişkili olmak' ile 'neden olmak' arasındaki farkı kesinleştiren bir ölçüt yoktu. Hasta dokusunda bir mikrop bulmak, o mikrobun hastalığı yaptığını kanıtlamaz; hastalığın sonucu olarak da orada bulunabilir.

Robert Koch, Berlin'de bu boşluğu yöntemle kapattı. 24 Mart 1882'de verem basilini (Mycobacterium tuberculosis) yalıttığını duyurduğu sunum, kanıt zincirinin eksiksiz kurulduğu ilk örnek sayılır. Kullandığı teknikler de kalıcı oldu: katı besiyeri üzerinde saf koloni elde etme (asistanının eşi Angelina Hesse'nin önerdiği agar sayesinde), özel boyama yöntemleri ve mikroskop fotoğrafçılığı. Bir yıl sonra kolera etkenini de yalıttı.

Kanıt ölçütü sonradan 'Koch postülaları' diye anıldı: etken hastalığın her vakasında bulunmalı, saf kültür halinde yalıtılabilmeli, sağlıklı bir konağa verildiğinde aynı hastalığı yapmalı ve o konaktan yeniden yalıtılabilmelidir. Koch'un kendisi bu koşulların her zaman sağlanamayacağını biliyordu — bazı kişiler mikrobu taşıdığı halde hasta olmaz (asemptomatik taşıyıcılık), bazı etkenler kültürde üretilemez. Virüsler, prionlar ve mikrobiyom çalışmaları bu ölçütü daha da esnetti; moleküler yöntemlerle güncellenmiş biçimleri kullanılıyor. Yine de ilkenin çekirdeği durur: bir nedensellik iddiası, gözlemle değil, kontrollü olarak yeniden üretmekle kanıtlanır. Koch 1905'te Nobel Tıp Ödülü'nü aldı; verem, aşı ve antibiyotiklere rağmen bugün hâlâ dünyanın en ölümcül bulaşıcı hastalıklarından biridir.