Güneş yalnızca bir ısı kaynağı değildir; aynı zamanda dönen bir manyetik makinedir. Plazmadan yapılı dış katmanları ekvator ve kutuplarda farklı hızlarda döner; bu diferansiyel dönüş manyetik alan çizgilerini büker ve kıvırır. Belli bir noktada bu kıvrımlar yüzeye fırlayarak güneş lekelerini oluşturur — Güneş'in en görünür manyetik etkinlik göstergeleri.

Leke sayısı sabit değildir; yaklaşık on bir yıllık bir döngüyle artar ve azalır. Döngünün her başında manyetik kutuplar yer değiştirir. Yüksek aktivite döneminde Güneş daha fazla parlama ve koronal kütle atımı üretir — Dünya'da jeomanyetik fırtınalara, kuzey ışıklarına ve uydu aksamalarına yol açar. Düşük aktivite döneminde yüzey neredeyse lekesizdir.

Bu döngünün ne zaman başladığı, Güneş'in iç yapısının ne kadar erken bugünkü konfigürasyona ulaştığıyla ilgilidir. Çekirdek hidrojen yakma ana sırasına oturduğunda — yaklaşık 4,5 milyar yıl önce — diferansiyel dönüş ve dinamo mekanizması da çalışmaya başlamıştır. Maunder Minimumu gibi tarihi anomaliler döngünün geçici olarak durabildiğini gösterir; ancak istisnalar haricinde Güneş, jeolojik zaman ölçeğinde aynı manyetik ritmi sürdürmektedir.