Hōryū-ji, ahşabın binlerce yıl ayakta kalabileceğini kanıtlayan yapıdır — ama bunu kalıcılıkla değil, esneklikle başarır. Taş yapı sertliğiyle direnir; Hōryū-ji'nin ahşap iskeleti ise depreme boyun eğerek, sallanarak hayatta kalır.

Beş katlı pagodanın sırrı merkezinden geçen tek bir dev direktedir: shinbashira. Bu direk katları taşımaz; aksine, taşıyıcı sistemden büyük ölçüde bağımsızdır, tabanda zemine ya da temele gevşek oturur ve tepeye kadar serbestçe yükselir. Deprem sırasında çevredeki kat çerçeveleri bir yöne salınırken, ağır merkez direk ters fazda hareket ederek bir sarkaç-karşı ağırlık gibi davranır ve binanın salınımını söndürür — modern gökdelenlerdeki ayarlı kütle sönümleyicinin (tuned mass damper) bin yıllık atası. Katlar birbirine rijit biçimde kenetlenmez; her kat alttakinin üzerine yalnızca oturur, böylece deprem enerjisi katlar arasında sürtünmeyle dağılır.

Birleşimler çivisizdir; ahşap parçalar geçmelerle (kiriş-kavela) birbirine kilitlenir, ama bu kilit esnek bırakılır. Bu 'gevşek' geometri kusur değil, tasarımdır: yapı sallanır ama kırılmaz. Hōryū-ji, dünyanın en aktif deprem kuşaklarından birinde ahşap mimarinin geliştirdiği bir hayatta kalma stratejisini — rijitlik yerine sönümleme — en eski ve en saf haliyle taşır; Japon ahşap mimarisinin sonraki bin yılı bu mantık üzerine kurulacaktır.