1961'de ABD, Türkiye'nin İzmir-Çiğli üssüne 15 adet PGM-19 Jüpiter orta menzilli nükleer füze yerleştirmişti — Moskova'ya yaklaşık 16 dakika uçuş mesafesi. Sovyetler için bu kabul edilemez bir asimetriydi; 1962 yazında Kruşçev sessizce Küba'ya benzer füzeler yerleştirmeye karar verdi: Florida'ya 150 km. Operasyon Anadyr 1962 yazında başladı; Eylül-Ekim'de Küba'ya 42 R-12 ve R-14 nükleer füze ile 40 binin üzerinde Sovyet askeri gönderildi.

14 Ekim 1962'de bir U-2 keşif uçağı San Cristóbal'da füze rampalarının hazırlanmakta olduğunu fotoğrafladı. 16 Ekim'de Kennedy ve EXCOMM ekibi (Bakanlar Kurulu Ulusal Güvenlik Yürütme Komitesi) ilk kez bir araya geldi. Seçenekler: hava saldırısı, kara işgali, abluka, diplomatik baskı. Askeri liderlik (özellikle General LeMay) hava saldırısını istiyordu — bu durum büyük olasılıkla nükleer karşılığa yol açacaktı.

22 Ekim'de Kennedy ulusa seslendi; Küba'ya "karantina" — fiilen deniz ablukası — ilan edildi. 24 Ekim'de Sovyet gemileri abluka hattının yakınında durdu. 27 Ekim, "Kara Cumartesi": Küba semalarında bir U-2 düşürüldü, pilot Major Anderson öldü; ABD destroyerleri Sovyet denizaltısı B-59'a uyarı bombası attı, denizaltının kaptanı Savitsky nükleer torpidoyu fırlatmak istedi ama ikinci subay Vasili Arhipov reddetti — bireysel bir karar bütün insanlığı kurtardı.

Kriz aynı gece çözüldü. Kennedy ve Kruşçev arasında gizli kanal üzerinden bir uzlaşma kuruldu: Sovyetler Küba'dan füzelerini çekecek; ABD karşılığında Türkiye'deki Jüpiter füzelerini sessizce sökecek ve Küba'yı işgal etmeyeceğini ilan edecekti. Anlaşmanın Türkiye boyutu yıllarca gizli kaldı; halkta Kruşçev'in geri adım attığı izlenimi oluşturdu, bu da kısmen 1964'te Sovyet liderliğinden indirilmesine yol açtı. Krizden sonra Washington-Moskova arasında "sıcak hat" telefon kuruldu (1963), nükleer testleri sınırlayan ilk anlaşma imzalandı (1963). Eon zaman çizgisinde insanın en yakın aldığı kıyamet anı budur.