Yaklaşık 65 milyon yıl boyunca Kuzey ve Güney Amerika birbirinden ayrı kıtalar olarak evrimleşmişti. Güney Amerika, Avustralya'ya benzer biçimde, dünyanın geri kalanından yalıtılmış bir evrim laboratuarıydı: keseli memeliler (marsupials) ve arkaik plasentalılar burada başka hiçbir yerde görülmeyen biçimlere dönüştü. Dev tembel hayvanlar, zırhlı gliptodonlar, toksik dişli macrauchenia ve kılıç dişli phorusrhacid kuşları bu coğrafi izolasyonun ürünleriydi.

Yaklaşık 3 milyon yıl önce Panama Kıstağı'nın kapanması bu izolasyonu sona erdirdi. Karayip ile Pasifik arasındaki dar su yolunun sığlaşıp kapanması — Orta Amerika Deniz Yolu'nun (Central American Seaway) kapanması — tektonik plaka hareketleriyle gerçekleşti: Nazca ve Karayip plakaları arasındaki yay adaları birleşerek sürekli bir kara köprüsü oluşturdu. Bu köprüden başlayan büyük faunal değişime paleontologlar 'Büyük Kıtalararası Değişim' (GABI) adını vermektedir.

Fauna akışı her iki yönde gerçekleşti. Kuzeyden güneye geçenler arasında at, geyik, tapir, puma, jaguar, lama atası ve deve atası yer alır. Güneyden kuzeye geçenler ise armadillo, opossum, pekari, dev tembel hayvan (Megatherium) ve Glyptodon oldu. Görünürde eşit olan bu alışveriş zamanla büyük bir asimetri ortaya koydu: kuzeyden gelen türler daha büyük beyin hacmine, daha az uzmanlaşmış beslenme stratejilerine ve daha sert rekabet ortamında şekillenmiş kalabalık sürü davranışına sahipti. Güneyin özgün megafaunasının büyük bölümü sonraki 1–2 milyon yıl içinde yok oldu; birden fazla etkenin (rekabet, iklim, olası insan baskısı) rol oynadığı düşünülmektedir.

Panama Kıstağı'nın kapanması yalnızca biyolojik değil, oşinografik ve iklimsel açıdan da dönüştürücüydü. Karayip ile Pasifik arasındaki su alışverişinin kesilmesi, Atlas Okyanusu'nun tuzluluk ve sıcaklık döngüsünü değiştirdi; bu değişimin Kuzey Atlantik derin su oluşumunu — ve dolayısıyla küresel okyanus sirkülasyonunu — etkilediği, hatta Kuzey Yarımküre buzullaşmasını tetiklemiş olabileceği savunulmaktadır. Bir kıstağın kapanması, 3 milyon yıl öncesinden bugüne uzanan bir iklim zincirinin ilk halkasıdır.