İÖ 5. yüzyılın başında Pers tehdidine karşı kurulan Delos Birliği zamanla Atina'nın deniz imparatorluğuna dönüştü. Müttefik şehirlerden toplanan haraç Akropolis'in mermerine, Atina donanmasına ve kentin sınırsız özgüvenine aktı. Sparta önderliğindeki kara temelli Peloponez Birliği ise bu büyümeyi varoluşsal bir tehdit olarak gördü. İÖ 431'de Korint ve Megara üzerindeki anlaşmazlıklar açık savaşa dönüştü.

Perikles'in stratejisi netti: Atina surların ardına çekilecek, kara savaşına girmeyecek, denizden Peloponez kıyılarını vuracaktı. Plan ilk yıl işledi. Ama İÖ 430'da kalabalık surların içinde patlak veren veba kentin dörtte birini, ertesi yıl da Perikles'i öldürdü. Onun ölümüyle birlikte Atina siyaseti, Kleon gibi sertlik yanlısı demagogların eline geçti. Mytilene'nin cezalandırılması, Melos'un kıyımı — Tukidides'in kayıt altına aldığı bu sahneler, demokrasinin de imparatorluk olabildiğinde nasıl davrandığını gösterir.

Dönüm noktası İÖ 415–413 Sicilya seferiydi. Atina, Syracuse'u almak için kurduğu büyük filoyu tamamen kaybetti — binlerce vatandaş Sicilya taş ocaklarında öldü. Sparta, Pers altınıyla bir donanma kurdu; İÖ 405'te Aegospotami'de Atina filosunu yok etti. Ertesi yıl Atina teslim oldu: surlar yıkıldı, donanma dağıtıldı, demokrasi geçici olarak askıya alındı.

Savaşın anlamı askeri sonucundan büyüktür. Tukidides olayları 'insan doğası aynı kaldığı sürece tekrar edecek' bir vaka olarak yazdı; güç dengesi, korku ve hibris üzerine kurduğu çözümleme bugünün uluslararası ilişkiler düşüncesinin temel metinlerinden biridir. Yunan şehir devletleri savaştan sonra bir daha asla eski siyasi ağırlıklarına dönemedi; yarım yüzyıl içinde Makedonya gelecek, ardından Helenistik dünya doğacaktı.